W 1939 r. w Michniowie mieszkało ok. 600 osób. Na przełomie 1939 i 1940 r. do wsi trafiło kilka rodzin wysiedlonych z ziem wcielonych do III Rzeszy.  Michniów, podobnie jak pozostała część ziem polskich włączonych do Generalnej Guberni, został poddany intensywnej polityce grabieży ekonomicznej i demograficznej. Podstawową formą obciążeń gospodarstw chłopskich na terenie GG były kontyngenty, wprowadzone w 1940 r. Wymiar kontyngentu rokrocznie był podnoszony, a jego ściąganie w kolejnych latach odbywało się w sposób brutalny i bezwzględny.

Od momentu przybycia w 1943 r. Jana Piwnika „Ponurego” w lasy siekierzeńskie  na legendarne uroczysko Wykus, aktywność partyzancka wokół Michniowa nabrała rozmachu. W nocy z 2 na 3 lipca 1943 r. partyzanci z Wykusu przeprowadzili atak na pociąg niemiecki na stacji Łączna. W meldunku dziennym Oberfeldkommandantur 603 Kielce podano, iż w wyniku ostrzelania dwóch pociągów pasażerskich zginęło 8 osób, w tym 4 żołnierzy:  jeden z Wehrmachtu oraz trzech z Ostlegionu. Rannych zostało 30-40 osób, wśród których było 11 żołnierzy. Źródła polskie podają liczbę około 170 zabitych Niemców, co  wydaje się być liczbą zdecydowanie zawyżoną. 8 lipca 1943 r. w Radomiu odbyła się narada, podczas której Niemcy omówili szczegóły akcji pacyfikacyjnej w Michniowie. 11 lipca 1943 r. w niedzielne popołudnie grupa niemieckich oficerów policji przybyła samochodem i dokładnie obejrzała ukształtowanie i położenie wsi.12 lipca pomiędzy godziną trzecią a czwartą rano wokół Michniowa zacisnął się podwójny pierścień okrążenia. Wewnętrzne posterunki ustawiono wokół budynków, zewnętrzne zaś od wzgórz do lasu. Silnie uzbrojone punkty usytuowane zostały w pobliżu dróg wylotowych na szosie Suchedniów – Bodzentyn. Nie wypuszczały one ani nie wpuszczały do wsi nikogo. Część policji niemieckiej weszła do wsi i rozpoczęła aresztowania. Zatrzymanych traktowano bardzo brutalnie. W trakcie akcji trwała grabież majątku mieszkańców osady. Dziewięć osób zostało wywiezionych do Kielc celem dalszych przesłuchań. Prowadzący śledztwo SS-Sturmscharführer Herman Weinub wystosował wnioski o wysłanie 8 aresztowanych osób do Auschwitz. Wnioski zatwierdził szef kieleckiego gestapo Karl Essig. W dniu 12 lipca 1943 r. 18 kobiet zostało zabranych i wysłanych na roboty przymusowe. Kobiety te pracowały w gospodarstwach rolnych w okolicach Hanoweru i fabryce porcelany w Königszelt.

Ogółem 12 lipca 1943 r. Niemcy zamordowali w Michniowie 102 osoby, w tym 95 mężczyzn w wieku od 16 do 63 lat, 5 dzieci w wieku od 5 do 15 lat  i 2 kobiety (44 i 48 lat). Wszystkie kobiety i dzieci zginęły od kul bądź pchnięć bagnetem. 23 mężczyzn zastrzelono, pozostali zginęli zamknięci w stodołach i spaleni żywcem. Pacyfikacja wsi trwała około 11-12 godzin. Przyczyną pierwszego dnia pacyfikacji były donosy konfidentów niemieckich mówiące o współpracy i sprzyjaniu mieszkańców wsi oddziałom partyzanckim.

Przed południem 12 lipca dotarła na Wykus wieść o tragedii Michniowa. Po naradzie dowództwa grupa partyzantów ruszyła w stronę wsi. Po dwugodzinnym marszu dotarli na miejsce. Niemców już nie było, opuścili wieś około godziny 15.00. W nocy z 12 na 13 lipca partyzanci „Ponurego„ przeprowadzili akcję odwetową – atak na pociąg niemiecki w odległości około kilometra od Michniowa. Zatrzymano pociąg cywilno - wojskowy  i ostrzelano go. W  wagonach ,,nur für Deutsche", strzelano do wszystkich pasażerów i pozostawiono napis ,,ZEMSTA ZA MICHNIÓW". Wycofujące się oddziały partyzanckie  przeszły przez wieś i udały się w kierunku Wykusu. Część mieszkańców słysząc odgłosy walki opuściła swe domy.

Następnego dnia między godz. 10.00 a 11.00 Niemcy ponownie wkroczyli do Michniowa. Mordowali wszystkich bez względu na płeć i wiek. Tylko nielicznym udało się przeżyć. Najmłodszą ofiarą pacyfikacji był dziewięciodniowy Stefan Dąbrowa spalony żywcem wraz z całą rodziną.

W akcji w  Michniowie udział brały pododdziały III batalionu 17 pułku policji SS , 22 pułku policji SS, żandarmeria z Częstochowy, Skarżyska, Starachowic, Ostrowca i okolicznych posterunków oraz gestapo z Kielc.

Ogólne straty mieszkańców Michniowa bezpośrednio lub pośrednio związane z pacyfikacją to : 211 zamordowanych. W dniu 27 maja 2010 r. Oddziałowa Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Krakowie przyjęła  liczbę 204 ofiar pacyfikacji wsi w dniach 12 i 13 lipca 1943 r.  (102 mężczyzn, 54 kobiety i 48 dzieci w wieku od 9 dni do 15 lat). Pozostałe 7 ofiar to osoby, które były w tym dniu aresztowane i straciły życie w obozach koncentracyjnych. Z najnowszych badań wynika, że liczba ofiar tej zbrodni może być większa, gdyż losy lokatorów, osób czasowo przebywających we wsi czy służby nie są do końca znane.

W dniu 13 lipca 1943 r. Michniów przestał istnieć. Wszystkie domy i zabudowania gospodarcze zostały spalone. Pozostali przy życiu michniowianie znaleźli schronienie i dach nad głową w okolicznych wioskach. 15 lipca 1943 r. zezwolono na pochowanie zwłok pomordowanych. Większość ciał złożono do wspólnego grobu usytuowanego na działce szkolnej. Niektóre rodziny pochowano blisko swych domostw i dopiero w 1945 r. szczątki ofiar przeniesiono do wspólnej mogiły. Od zakończenia wojny corocznie w dniach 12 i 13 lipca w Michniowie odbywają się uroczystości poświęcone ofiarom tej bezprzykładnej zbrodni.